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潔凈實驗室一般都是技術核心所在，關于建筑位置而言，建筑規模較大的學術類理化微生物等實驗室條件允許的情況下盡量設置建筑單體（三級、四級生物安全防護實驗室需要設置建筑單體），實驗室的建筑要相對集中，與辦公區、生產區等其他不同功能類用房分開，建立合理分區，分布在1小風頻上風向。如果各類實驗室集中在一個樓宇的，樓層上下應按照實驗動物房、理化實驗室、微生物。如果實驗室和和其他業務行政等都集中在一個樓宇的，實驗室一定要設在樓宇上部。
確保潔凈空調系統的穩定性
以生物安全實驗室為例，其生物培養室用于試驗樣品的培養，對溫濕度、光照、空氣、水分、酸堿度有著嚴格要求。這樣，也對潔凈空調系統的的穩定性提出了更高的要求。
另外，對于動物實驗室來說，其動物房必須具備良好的殺菌滅毒功能，所以在空氣處理方面對潔凈空調系統有著許多特殊的指標。而要做好這些，必須確保潔凈空調系統的穩定性。
潔凈室空氣潔凈度等級的檢驗，驗收時應以動態條件下測試的塵粒數為依據。對于空氣潔凈度為5級的潔凈室內大于等于5微米塵粒的計算應進行多次采樣。當其多次出現時，方可認為該測試數值是可靠的。
確定潔凈實驗室空氣潔凈度等級時，首先要滿足實驗內容和實驗儀器設施對空氣潔凈度的要求，然后還要根據實驗操作步驟和實驗程序布局綜合考慮各個實驗區域的不同凈化等級要求，從而做到既滿足凈化要求又節約成本支出。
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